扎藏寺现存的大藏经是国内外目前唯一的一套集蒙藏汉三种文字的大藏经，其年代久远，历史文物价值十分珍贵，同时也是扎藏寺镇寺之宝。 ——网络

扎藏寺始建于东汉末年，距今已有1775年历史，为安多十六寺之一。 唐代贞观年间，文成公主进藏途中路过日月山时，该寺的僧人聚众去迎接文成公主，并请文成公主到寺院留宿作客。虔诚信佛的公主听说附近有一座佛寺，很是高兴，于是将随身携带的一串珊瑚念珠和金戒指、金钗等赠给寺院，留作纪念。从此以后，扎藏寺名声大震，四方僧人，八方信徒，纷纷来此顶礼膜拜，集会讲经，香火大为兴盛。 到了宋代，青海东部成为西夏属地，青海湖周围被蒙古族所占，扎藏寺遂成青海蒙古族的佛寺。蒙古人还在莫尔吉河对面的山头上修了一座颇为壮观的静房，名叫“塔燕静房”。明崇祯十年，蒙古王顾始汗从新疆进军青海，继而进兵西藏，消灭了在青藏地区信仰道教的各派势力，并在蒙藏族中大力弘扬黄教。顾始汗还将塔燕静房与扎藏寺合并为一，统称为“扎藏克噶旦群卜楞”，从些，扎藏寺成了青海蒙古族信奉黄教的首寺。 清康熙三十六年，扎藏寺又成了清朝政府联络青海蒙藏头领的中心。当时，清政府和青海蒙古各王公在扎藏寺设有公署和办事机构，因此，扎藏寺又成了政教合一的官府机构，从而使得扎藏寺规模日趋宏大，声名远播四方。至清朝末年，扎藏寺内除经堂、佛殿、僧舍数百间以外，还有富丽堂皇的官邸、衙门等，可谓鼎盛一时，繁华至极。 扎藏寺之所以备受历代高僧和官府的青睐，是因为它有着重要的自然环境和地理位置。扎藏寺地处要冲，自古以来就是通往青海湖北岸的交通要道。早年间，这一带的山川到处是树木，遍地是灌丛，环境十分优美，景色异常迷人。特别是盛夏季节，这里翠绿的山林美丽至极。只见茂密的松树犹如一把把撑天的巨伞昂然挺立，重重叠叠的桦林间，盛开着无数野花，红、黄、蓝、白、紫，鲜艳夺目、五彩缤纷的花朵，招引得蜂飞蝶舞，鸟鸣莺唱。而山林之下，百泉喷涌，溪水潺潺，真可以称得上是一个山青水秀的好地方。因此，过去曾有人作诗赞道：“一峰高过千山顶，二龙戏珠天地间；翠林红霞映红日，香炉桑烟遥相照”、“南檐纳日冬天暖，北户迎风夏日凉”；“山色千寻常耸绿，石泉万斛自奔流”。足见其环境之幽，风景之美。 扎藏寺作为青海蒙古族的重寺，有过兴盛，也有过衰败。特别是明清以来，几代达赖喇嘛和班禅喇嘛对它十分推崇，曾多次亲临寺院讲经朝拜，广发布施。封建王朝和封建王公对它也很重视，不断捐资赠款，大加扩建，致使该寺声望骤增，规模日渐宏大。最鼎盛时曾有殿堂百座，庙宇千间，僧舍成片。其中，最为辉煌的是位于寺院正中的大殿和依山傍水而建的大小经堂。其建筑设计巧妙，布局合理，建筑精良，装饰华丽。寺内珍宝繁富，文物众多，典籍广博，为周围寺院所不及。 到了清雍正二年，青海蒙古族首领罗卜藏丹津以丹噶尔和扎藏寺为据点，起兵反抗清廷。清政府委派大将年羹尧率兵镇压，罗卜藏丹津抵抗不过，最后骑一单峰驼由湟源逃往新疆。扎藏寺因此遭到兵燹，大部分建筑被焚毁。原先繁华兴旺的寺院立即变得冷落萧条起来。清乾隆八年，清政府派大臣复查西北各寺院时乾隆帝得知扎藏寺被劫毁，便下令重新恢复该寺，并亲笔御赐“佛光普照”的匾额赠给该寺。

到了清同治年间，河湟一带的回族发动反清起义，结果使扎藏寺受到毁灭性的破坏。当时，除该寺的大庙外，其余大小经堂全部被烧毁，寺内保存的珍贵文物及历史典籍等全部化为灰烬。至清光绪年间，扎藏寺才得以重建，但规模远没有过去那么宏大壮观。人们只在大庙院内新修了3间小经堂，寺院附近又修了贝勒、柯柯、贝子等7个王府。即正门前为大经堂，两侧是耳楼，经堂后面则是玲珑剔透的小寺。