国恩寺始建于唐代高宗弘道元年（683年）。它与六祖祝发道场广州光孝寺，毕生弘法道场曲江曹溪南华寺鼎足而立，并称六祖三大祖庭。国恩寺既是六祖肉身菩萨的故居，又是六祖弘法、示寂以及辑录六祖“法宝坛经”的圣地而名扬海内外。 唐宋时期，国恩寺在佛教界被视为“岭南第一圣域”，“中国禅文化的发祥地”。香火鼎盛，僧人甚多，来寺朝拜参学者络绎不绝，寺院殿堂颇具规模，有僧田1800亩。宋绍兴年间寺宇重修，明永乐年间再次修葺。尔后，国恩寺渐衰，僧田多被豪强侵占，寺产被变卖。至使这座被尊为“中国禅宗发源地”的古寺，殿堂失修崩塌，香火式微。 明穆宗隆庆元年（1567年），知县邓应平发起，官民集资重修寺宇。此后国恩寺不断扩建。明神宗万历二十六年（公元1598年），名士欧真义建龙粤庵（观音殿），万历四十四年（公元1616年）知县陶若曾建浴身亭；万历四十六年（公元1618年）新州知县吴士熙、绅士赵良洗建山门牌坊，并凿寺前镜池；万历四十八年（公元1620年），本寺方丈白现法师、名士潘文伯等建金刚楼和左右禅房。明思宗崇祯六年（公元1633年）新州名士潘尚茂建经堂；崇祯十二年（公元1639年），本县名人潘稷建珠亭；清顺治七年（公元1650年）至十二年（公元1655年）再次重修和扩建；举人麦安创建法堂，新州名士美符重修山门石桥等。

至此，国恩寺便形成了较为庞大的建筑群，殿堂鳞次栉比，气势巍峨庄严，成为广东省境内屈指可数的大丛林及全国仅存的两大祖师故居之一。